Instituttets forskere har et omfattende samarbejde med danske virksomheder og enkelte europæiske. Etableringen af Maritime DTU og et øget fokus på samarbejde med den maritime branche forventes at medføre et øget samarbejde med virksomheder som A.P. Møller Mærsk, MAN Diesel og Turbo m.fl. Derudover samarbejdes med en lang række store og mindre virksomheder som Novo Nordisk, LEGO, Torm, DNV, Rambøll, Danfoss, Dong Energy, Vattenfall, Vestas, Siemens, LM, Grundfos, FL Smidth, Haldor Topsøe, DHI, Force Technology, Teknologisk Institut, Brüel & Kjær m.fl.
